宝蓮寺は、大日堂の管理をしていた薬音寺の名を改めたものです。薬音寺が開かれたのは、鎌倉時代後期といわれます｡ 1669年（寛文9年）に領主の揖斐（いび）氏が、 同族の宝蓮信女の菩提を願い、薬音寺を再興して宝蓮寺と改称しました。
宝蓮寺には境内絵図があります。この絵図は、1790年（寛政2年）に描かれたもので、当時の宝蓮寺全景を知ることができます。